Intestin & microbiote au coeur de la longévité

Article revu et mis à jour le 18/04/2024

Si vous souhaitez vivre longtemps en bonne santé, votre priorité doit se porter sur votre intestin et les habitants qu’il héberge. Votre microbiote (ou flore microbienne) intestinal joue un rôle crucial pour la digestion (absorption/élimination). Les études scientifiques de plus en plus nombreuses nous montrent qu’il intervient aussi dans l’immunité, les fonctions cérébrales, le métabolisme énergétique… et il conditionnerait même la longévité et l’apparition de maladies liées à l’âge (diabète, neurodégénérescence, troubles cardio-vasculaires…).

Il va donc falloir en prendre soin pour qu’il vous fasse vivre longtemps et en forme.

Intestin, absorption de nutriments, élimination de toxines

Hippocrate mettait l’intestin au centre de la santé. C’est en effet le lieu d’échange et d’interactions entre notre corps et les substances issues de notre environnement que nous ingérons. Nous « filtrons » continuellement ces substances (aliments) pour construire notre corps, et renouveler nos tissus. L’Ayurveda dit aussi que le départ des maladies se fait le plus souvent depuis l’intestin.

Une mauvaise fonction intestinale (et une mauvaise digestion) empêcheront la bonne absorption des nutriments essentiels et le bon fonctionnement de notre organisme. Dans l’autre sens, elle pourra freiner l’élimination nécessaire des déchets toxiques de l’organisme, voire favoriser leur réabsorption, et des troubles aussi variés que l’inflammation, la dépression ou la fatigue…

Le bon fonctionnement de l’intestin est dépendant :

• d’un bon travail de l’estomac, du foie et du pancréas, lui même dépendant :
  • d’une bonne mastication et imprégnation salivaire
  • de la production normale des différents sucs, acides, et enzymes digestifs (qui baisse avec le stress, la mauvaise hygiène alimentaire, et généralement avec l’âge…)
• de l’équilibre de sa flore microbienne (en gros : beaucoup de « bons » microbes et peu de « mauvais »)
• du bon état de sa muqueuse, en particulier sa perméabilité (voir plus bas)
• de la vitesse correcte du transit dans le tube digestif (ce « péristaltisme », qui pousse les aliments, dépendant de muscles tout au long des intestins)
• d’un niveau énergétique et hormonal correct, et surtout, non épuisé par un stress chronique.

Globalement, si les fonctions digestives se détériorent trop avec l’âge, c’est le vieillissement du corps en général qui s’accélère, et va laisser s’installer les maladies qui lui sont liées (voyez « si vous digérez mal, vous vieillirez mal« ).

La flore intestinale ou microbiote intestinal

Le microbiote intestinal normal

La fonction intestinale se fait en harmonie avec une flore principalement bactérienne mais aussi de levures, champignons, parasites et virus qui colonisent notre tube digestif (essentiellement la partie du colon ou « gros intestin »). Cent mille milliards de bactéries vivent en équilibre avec nous et en nous. Elles sont dix fois plus nombreuses que les cellules qui composent notre corps. On en connaît aujourd’hui plusieurs milliers d’espèces, et on en découvre encore.

Chacun de nous possède une composition unique de 150 à 200 espèces microbiennes, qui lui est propre, et dont on commence seulement à comprendre les implications sur la santé. Ces « microbes amis » représentent environ 1,5 kg de notre poids, et sont de plus en plus considérés comme un organe à part entière, tellement leurs fonctions sont importantes. Sans eux, point de santé, cela a été démontré. Ils prennent soin de nous puisque nous sommes leur habitat.

Le microbiote nous aide, par exemple :

• à digérer et absorber certaines substances,
• à fabriquer certaines vitamines et autres nutriments,
• à avoir une bonne immunité qui nous défendra contre des intrus : substances toxiques, polluants, micro-organismes « ennemis » : bactéries dangereuses, virus, levures, etc…
• et à bien d’autres choses comme la production d’énergie dans nos cellules, la régulation de l’humeur (production de neuromédiateurs et certaines hormones), qui sont des découvertes assez récentes…

Nos bactéries domestiques s’occupent en particulier des fibres végétales que notre corps ne sait pas digérer, qui les nourrissent, et qu’on appelle des prébiotiques. Ce faisant, elles produisent des nutriments très favorables à la santé, notamment : du lactate, des acides gras à chaîne courte, et autres substances bio-actives… que l’on appelle aujourd’hui « postbiotiques« .

Il y a une flore plutôt capable de réactions de fermentation (surtout avec les fibres et glucides) dans le colon droit et transverse, et une autre catégorie plutôt capable de réactions de putréfaction à partir des protéines, dans le colon gauche. Lorsqu’un déséquilibre s’installe, ces familles de bactéries peuvent libérer trop de dérivés toxiques comme l’ammoniac que le foie transformera en urée, et autres phénols, indols, et amines biogènes… principalement produits par la putréfaction.

Au final, ces micro-organismes sont bien plus importants qu’on l’a longtemps pensé, puisque indispensables à notre santé. On pourrait dire qu’ils font « partie de nous ». Pourtant, ils sont souvent massacrées par l’usage bien trop fréquent d’antibiotiques, et mis à mal par les pesticides et autres toxiques (et antibiotiques) apportés par une alimentation industrialisée et trop transformée.

Modifications du microbiote avec l’âge

Alors que la composition de notre microbiote reste relativement stable à l’âge adulte, les modification de l’alimentation, voire les médications (antibiotiques, antiacides…), le ralentissement du transit gastro-intestinal et de la digestion… mènent à un déséquilibre de la flore digestive en vieillissant.

La diversification des espèces bactériennes a tendance à diminuer avec l’âge, ce qui n’est pas bon. Le colon se désertifie, et l’on peut voir, entre autres, une augmentation d’entérobactéries et de germes pouvant alors devenir pathogènes par leur nombre, comme les streptocoques, staphylocoques… (Garcia-Penaet al., 2017 ). Ceux-ci se développent d’ailleurs plus facilement sur un terrain inflammatoire, et vont eux-mêmes entretenir une inflammation locale, ainsi qu’une trop grande perméabilité de la muqueuse intestinale (voir plus bas).

Ce développement de bactéries normalement peu présentes dans l’intestin, se fait au détriment des souches dominantes (et non dangereuses) comme les lactobacilles et les bifidobactéries qui diminuent (*). Le rapport des 2 grands groupes bactériens (firmicutes/bactériodetes) peut aussi se modifier.

Il a été observé chez des plus de 105 ans, une présence accrue de certaines (bonnes) familles bactériennes : akkermansia, bifidobactéries et christensenellaceae… (Biagiet al., 2016*). Cette présence favoriserait le contrôle de l’inflammation et un meilleur maintient de l’immunité, malgré les stress répétés et le travail de défense durant toute une vie contre des éléments microbiens étrangers.

Par exemple, les bifidobactéries représentent près de 90% des bactéries du nourrisson au sein, et plus que 5% en fin de vie. Leur apport parait bénéfique à plusieurs titres chez le sujet âgé, selon les études.

Il serait possible de définir l’âge d’une personne en étudiant la composition de son microbiote (Zhavoronkov 2019 *).

On constate également une tendance à l’augmentation des réactions de putréfaction dans l’intestin (essentiellement dans le colon gauche), qui produisent alors plus de substances toxiques que le corps devra gérer.

Sachant que le vieillissement est lié à une baisse de l’immunité, et à une tendance à l’inflammation généralisée de bas bruit. On peut s’attendre à ce que les soins qui maintiennent le bon équilibre du microbiote améliorent ou évitent une bonne partie des troubles liés au vieillissement, dont les dégénérescences accélérées. C’est là l’objet d’études prospectives (INRA, R. Martin 2018*).

Pour contrecarrer ces effets, des traitements par probiotiques (« bonnes bactéries ») et prébiotiques (substances nourrissant les bactéries intestinales) sont proposés. Plus récemment, des modifications de l’alimentation et de son timing, et aussi des jeûnes courts ont montré des résultats très intéressants.

Les postbiotiques sont importants par les informations ou les nutriments qu’ils donnent à notre microbiote. C’est ainsi que les aliments fermentés sont très sains. Il a été démontré qu’un apport de fibres prébiotiques ne favorisaient vraiment la diversification de la flore intestinale et la réduction des marqueurs de l’inflammation que lorsqu’on y associait des aliments fermentés (Sonneburg 2021). Il est intéressant de voir que les bactéries et levures dans ces aliments ont un effet même mortes (détruites par la pasteurisation ou par l’acidité de notre estomac). C’est leur « contenu » postbiotique qui agit en nous.

Une autre étude a vu que la transplantation de matières fécale de jeunes souris vers l’intestin de vieilles souris pouvait relancer les performances de son système immunitaire perdues avec l’âge (Stebegg 2019 *). Autrement dit, la baisse d’immunité liée au vieillissement n’est pas irréversible, et s’améliore avec une greffe de caca !

Enfin, rappelons ici que la médecine ayurvédique (et d’autres) emploie volontiers des lavements doux qui traitent principalement la partie gauche du colon, celle justement où se font les réactions digestives de putréfaction. En matière de digestion, l’Ayurvéda parle globalement d' »agni, le feu digestif » qui conditionne la bonne transformation des aliments en énergie pour tout le corps. C’est une vision fort intéressante car elle confirme l’aspect global et intriqué des divers éléments et fonctions qui conditionnent une bonne digestion/assimilation.

Maladies déclenchées par la dysbiose

Un déséquilibre du microbiote (appelé dysbiose) peut avoir de nombreuses conséquences, entraînant des troubles de santé allant bien au delà de l’intestin (notamment au foie, surchargé par trop de toxines à éliminer). Ils sont maintenant très documentés dans la littérature scientifique :

• maladies et cancers digestifs
• déficience de l’immunité : allergies, maladies auto-immunes, sensibilité aux infections…
• inflammation, d’abord digestive, puis généralisée
• baisse de production d’énergie cellulaire
• troubles métaboliques : diabète et obésité
• affections cérébrales : troubles de l’humeur, dépression, autisme, Alzheimer… En effet, l’intestin est très riche en neurones qui communiquent avec notre cerveau. Une modification du microbiote peut modifier l’information transmise au système nerveux central.
• maladies cardio-vasculaires, etc…

Les symptômes de la dysbiose digestive sont, généralement, un ensemble de :

• selles malformées, voire grasses
• ballonnement et/ou gonflements abdominaux
• douleurs abdominales (intestin irrité)
• gaz abondants et nauséabonds
• mauvaise haleine et langue souvent chargée
• fatigue permanente
• troubles de l’humeur et « brouillard » mental…

Notons ici que la dysbiose peut aussi se manifester par une prolifération de bactéries dans l’intestin grêle, remontant du colon vers l’estomac, dans cette partie où elles sont normalement peu présentes. On appelle cela le SIBO, un syndrome assez fréquent de nos jours, et de plus en plus étudié. Il s’accompagne notamment de reflux gastro-œsophagien et de ballonnements apparaissant très rapidement après manger (pour en savoir plus, voyez cet article).

La longévité est liée à la qualité du microbiote

Les découvertes récentes apportent encore plus d’importance au microbiote qui semble bien conditionner la longévité. On sait de plus en plus, par exemple, que les maladies du vieillissement comme le diabète, Alzheimer, Parkinson, cancer, etc… sont fortement liées à l’état du microbiote.

Dans le projet MetaHIT (Metagenomics of the Human Intestinal Tract), en 2012, le microbiome intestinal de personnes en bonne santé fut comparé à celui de personnes atteintes d’obésité et de maladies métaboliques. Il a été suggéré un lien potentiel entre la composition du microbiome et le risque de maladies liées à l’âge. Ces modifications du microbiote après 50 ans (et leur lien avec la longévité) ont été montrées dans leur rapport avec l’état de santé (voir cet autre article également).

Une étude a montré qu’en « rajeunissant » l’intestin de poissons (en activant la télomérase des cellules intestinales), c’est tout le corps qui voit ralentir son vieillissement (voir l’étude ici).

Une autre a montré une augmentation significative de la durée de vie de souris avec un traitement associant des probiotiques et un mélange de plantes utilisé traditionnellement pour le transit intestinal en médecine indienne (voir cet article), ou encore en transplantant des matières fécales de souris jeunes à des souris âgées.

Des recherches ont suggéré que le régime méditerranéen, riche en fibres, en aliments végétaux et aussi fermentés, pouvait favoriser un microbiome intestinal sain, ce qui pourrait contribuer à la longévité en réduisant le risque de maladies chroniques, et bien d’autres encore… Notre population microbienne est largement plus impliquée qu’on ne le croyait dans notre santé et notre longévité.

La perméabilité de la muqueuse intestinale

Notre microbiote est souvent malmené par notre mode de vie moderne (stress, malbouffe, polluants…), et les troubles précédents sont aujourd’hui fréquents. Une flore microbienne déséquilibrée peut induire une augmentation de la perméabilité de la muqueuse intestinale, aggravée par le stress, les toxiques, l’alcool, certains médicaments, etc…

La muqueuse laisse alors passer dans la circulation sanguine des toxiques, virus, ou fragments bactériens (comme les fameuses LPS : lipopolysaccharides que l’on peut mesurer dans le sang) mais aussi des particules d’aliments non digérés qui n’ont rien à faire ici. L’organisme va alors mettre en jeu ses défenses immunitaires pour les éliminer, notamment en fabriquant des anticorps. Ceci va aboutir à la formation de particules complexes (et toxiques) dans le sang. A la longue, notre immunité pourra se dérégler et laisser s’installer une inflammation chronique de tout le corps, voire des maladies auto-immunes (polyarthrite, sclérose en plaque, lupus, thyroïdites, etc…).

On appelle aussi ce phénomène « leaky gut » ou intestin micro-poreux, voir notre article ici.

Les intolérances et les allergies alimentaires peuvent également être liées à cette hyper-perméabilité intestinale. Par ailleurs, les études ont constaté que des périodes de jeûne pouvaient mettre l’intestin au repos, et mener à une régénération de sa muqueuse, améliorant ainsi sa perméabilité.

Pour ces raisons, on est souvent amené, en médecine anti-âge :
– à rééquilibrer la flore intestinale à l’aide de probiotiques, de prébiotiques, de post-biotiques, et/ou de modifications alimentaires et de jeûnes intermittents…
– à dépister les intolérances à certains aliments,
– à gérer le stress chronique.

Comment restaurer ou améliorer votre flore intestinale ?

Avec une alimentation saine et un bon timing (longues pauses sans manger, absence de grignotage…), riche en fibre prébiotiques et en produits fermentés, l’éviction de substances toxiques telles que l’alcool, les pesticides, le chlore, les antibiotiques et certains médicaments… peut suffire à rééquilibrer progressivement son microbiote.

Dans tous les cas, ces substances nocives pour notre flore devront être évitées au maximum, y compris les pesticides et antibiotiques contenus dans les aliments (mangez au mieux bio et non transformé).

Eradiquez les microbes malsains

Lorsqu’une dysbiose importante est installée, avec une augmentation franche de « mauvaises » bactéries (ou autres microbes ou parasites), il est parfois utile, dans un premier temps, de nettoyer l’intestin à l’aide de plantes antiseptiques, de purges, voire de lavements… qui sont d’ailleurs très utilisés en médecines traditionnelles. Les médecins peuvent même prescrire des antifongiques ou des antibiotiques ciblés, lorsque la flore est devenue trop malsaine (trop riche en pathogènes). Ensuite, il faudra aider à réensemencer les bonnes bactéries : bonne hygiène, probiotiques, prébiotiques et post-biotiques (aliments fermentés)… puis entretenir un microbiote sain, notamment en le nourrissant avec les aliments qu’il aime.

L’hygiène alimentaire pour un bonne flore digestive

Diverses actions sont à mettre en œuvre pour restaurer un bon microbiote :

• manger lentement et bien mastiquer. Ceci est bien plus important que l’on croit, et permet d’aider la digestion et l’assimilation des nutriments. Imaginez le travail des organes digestifs lorsque des morceaux entiers d’aliments sont avalés et se retrouvent au contact des muqueuses !
• s’assurer un apport quotidien suffisant de fibres dans l’alimentation (voir ci-dessous les prébiotiques). La façon la plus simple et la meilleure pour la santé est certainement de faire des végétaux (fruits et légumes, racines, feuilles…), la base de votre alimentation.
• réduire fortement la consommation de sucres rapides et produits sucrés. Il s’agit principalement de glucides raffinés et d’origine industrielle.
• éviter de consommer trop de viandes et charcuteries (pas plus d’une fois par jour et de qualité bio). En excès, elles favorisent l’inflammation et la putréfaction bactérienne, génératrice de toxines irritantes.
• apporter des probiotiques de qualité (voir ci-dessous) pour ensemencer l’intestin avec des « bonnes » bactéries.
• manger des post-biotiques. Les aliments fermentés en sont bourrés. Il s’agit pour les principaux : du pain au levain, choucroute, kéfir, yaourts et fromages fermiers, légumes lacto-fermentés, cornichons et pickles en saumure, vinaigre naturel, kombucha, miso, tempeh, natto, jambons crus et viandes conservées par salaison, etc…

Probiotiques, prébiotiques et post-biotiques

Les probiotiques sont des compléments alimentaires composés de diverses souches bactériennes « amies » destinées à rétablir une flore digestive normale. Cependant, croire qu’il suffit d’avaler ces capsules ou comprimés pour restaurer sa flore digestive est une lubie. Pas si simple !

Leur efficacité est liée à leur qualité et à leur forme d’administration qui doit permettre à ces souches bactériennes d’atteindre vivantes l’intestin, sans être détruites par l’acidité de l’estomac. Leur usage est, de plus, délicat :

1. bien que cela progresse, on connaît encore mal les effets des différentes souches bactériennes sur l’organisme et sa santé.

2. il faudrait chercher à rééquilibrer le microbiote en amenant les bactéries manquantes, et pas les autres.

Aujourd’hui, la plupart des préparations dites « probiotiques » du commerce contiennent à peu près les mêmes souches, dites « bonnes bactéries » (par exemple, bifidobactéries, lactobacilles, saccharomyces, entérocoques…) mais elles sont bonnes pour qui en manque ! Ceci peut expliquer qu’elles ne soient pas bien supportées par tout le monde. On commence seulement à proposer des composition plus spécifiques, censées mieux rééquilibrer les microbiotes en fonction de leur état et des bactéries manquantes. Elles pourraient répondre à des troubles spécifiques comme l’obésité, la dépression, l’inflammation… La recherche bat son plein.

Les prébiotiques eux, sont des substances favorisant la fixation et la bonne prolifération des bonnes bactéries. Ce sont le plus souvent des aliments pour elles. Parmi eux : les FOS (fructo-oligo-saccharides) et l’Inuline (que l’on retrouve dans la chicorée par exemple).

Il existe des produits spécifiques sur le marché mais les aliments riches en fibres non digestibles sont en général de bonnes sources de prébiotiques (par exemple : légumes verts, poireaux, oignons, asperges, patates douces, pomme, banane, lentilles, baies, etc…). Le problème est qu’ils peuvent être mal tolérés (surtout crus) par la muqueuse intestinale lorsqu’elle est déjà enflammée et/ou irritable. Dans ce cas, il faut introduire prudemment et très progressivement les prébiotiques pour aider à reconstituer petit à petit une bonne flore, sans irriter l’intestin.

Les postbiotiques sont les substances produites par les bactéries et levures,ayant un effet positif sur notre microbiote et donc sur notre santé. On les trouve en abondance dans les aliments et boissons fermentés.

Intolérances alimentaires

Les intolérances à certains aliments sont caractérisées par une réaction immunitaire avec fabrication d’anticorps contre l’aliment en question.

Il faut différencier allergie immédiate et intolérance. L’allergie classique (allergie à IgE) entraîne des réactions rapides et souvent violentes au contact des aliments (urticaire, asthme, oedème de Quincke…), alors que l’intolérance (allergie à IgG) se manifeste plus lentement et plus insidieusement sous des formes très variées. Cette dernière peut être ignorée alors que des troubles se développent à bas bruit, comme des perturbations de l’immunité, ou encore l’accumulation de complexes immuns toxiques circulant dans le sang.

Les intolérances alimentaires peuvent déclencher une inflammation et des lésions de la muqueuse intestinale et du microbiote mais les troubles digestifs (irritations, inflammation, ballonnements…) ne sont pas forcément présents. A titre d’exemple, elles peuvent être liées à des états de fatigue inexpliqués, des problèmes de peau, des maladies inflammatoires, des troubles de l’humeur, des douleurs tendineuses ou diffuses, etc…

Des examens de sang ou des tests cutanés permettent de les dépister. Elles sont fréquentes, et se traitent en éliminant l’aliment en cause pendant quelques mois et, éventuellement, en aidant la restauration de la muqueuse intestinale si elle est devenue trop perméable.
Voir l’article sur immunonutrition et intolérances alimentaires

Que penser des irrigations du colon et des lavements ?

Depuis des millénaires, les lavements du colon sont recommandés dans les médecines traditionnelles pour traiter diverses affections. Aujourd’hui, certains utilisent des appareils permettant d’irriguer le colon avec de l’eau ou des solutions spécifiques (sels minéraux, huiles, micronutriments, plantes…) et d’aspirer les matières de façon hermétique (hydrothérapie du colon).

Sans aller jusqu’à en faire une panacée, les lavements sont intéressants s’ils sont utilisés à bon escient. Ils sont d’ailleurs courants en médecine ayurvédique.

Si le bien fondé de l’hydrothérapie du colon avec des machines qui peuvent traiter l’intégralité du colon, reste encore sujet à discussion, les lavements doux traditionnels (et ponctuels) qui remontent moins loin dans le colon (essentiellement sa partie gauche) pourraient être plus facilement justifiés. On sait en effet, grâce aux études récentes, que l’augmentation de la flore de putréfaction bactérienne, qui siège essentiellement dans le colon gauche, est fréquente avec l’âge. Elle libère des ptomaïnes (putrescine, cadavérine…) et des corps aromatiques (phénol, indole, sulfure d’hydrogène…). Produits en trop grande quantité, ces dérivés deviennent toxiques, peuvent enflammer l’intestin et passer dans la circulation sanguine.

Ces lavements ou encore certaines purges (médication accélérant le transit pour « vider » l’intestin) pourraient ainsi aider à « nettoyer » des flores intestinales déséquilibrées ou malsaines, avant de les restaurer en modifiant l’alimentation, et/ou par des jeûnes intermittents, et/ou par la prise de probiotiques.

Notez qu’en cas de pullulation de mauvaises bactéries, le corps réagit naturellement par une diarrhée qui le débarrasse d’une grande partie de ces microbes indésirables, et qu’il est souvent bon de respecter.

Conclusion : prenez grand soin de votre microbiote

Au final, dans une approche anti-âge (et pour la santé en général), le rôle de l’intestin inséparable de son microbiote est primordial. Cet ensemble est à la base de nombreuses fonctions vitales : assimilation, production d’énergie, défenses immunitaires… Il est capable d’accélérer ou ralentir les processus liés au vieillissement.

Longtemps ignoré, le microbiote est en fait au coeur de notre santé.

C’est un domaine où il est assez facile d’intervenir de façon naturelle, et de retrouver un équilibre durable pour peu que l’on adopte de saines habitudes.

Voyez : comment améliorer votre digestion à tout âge